Lékařské studium je rozděleno do dvou základních studijních programů - Všeobecné lékařství a Zubní lékařství. Do studijního programu Zubní lékařství jsou uchazeči přijímáni od akademického roku 2004/2005, toto studium postupně nahradilo studijní program Stomatologie. Studium Všeobecného lékařství je šestileté, studium Zubního lékařství trvá pět let. První dva roky lékařského studia jsou věnovány teoretickým oborům - biologii, biofyzice, anatomii, histologii, fyziologii a biochemii. Ve třetím a v části čtvrtého ročníku se studují preklinické předměty - Patologická anatomie, Patologická fyziologie, Mikrobiologie, Farmakologie a začíná klinická výuka. Nejvyšší ročníky jsou plně věnovány klinickým oborům. Na fakultě rovněž probíhá výuka v angličtině pro zahraniční studenty samoplátce. Studium je ukončeno slavnostní promocí ve staroslavném Karolinu v Praze, kde se absolventům předávají diplomy. Absolventi Všeobecného lékařství získávají titul MUDr., absolventi Zubního lékařství získávají titul MDDr. Studenti jsou vychováváni nejen pro výkon lékařské praxe, ale seznamují se i se základy vědecké práce a jsou i k samostatné vědecké práci vedeni. V průběhu studia, zejména o letních prázdninách, má řada studentů možnost absolvovat studijní pobyty a praxe v zahraničí. Nejen z těchto důvodů, ale zejména pro nutnost studia zahraniční literatury se při přípravě lékařů klade důraz i na výuku jazyků, každý student musí kromě latiny složit zkoušku z dalšího světového jazyka.